Setelah mendapat kritik dari berbagai pihak dan kelompok, akhirnya Yudian Wahyudi angkat bicara soal pernyataannya yang dianggap kontroversial karena dinilai membenturkan antara agama dan Pancasila. Yudian menjelaskan bahwa dia tidak bermaksud mempertentangkan Pancasila dan agama.
"Yang saya maksud adalah bahwa Pancasila sebagai konsensus tertingi bangsa Indonesia harus kita jaga sebaik mungkin," kata Yudian kepada detikcom, Rabu 12 Februari 2020.
Kepala BPIP yang juga masih menjabat sebagai Rektor UIN Sunan Kalijaga, Yogyakarta ini menjelaskan bahwa Pancasila itu sendiri bersifat agamis. Lebih lanjut, ia juga mengatakan bahwa subtansi nilai yang terkandung pada Pancasila hampir didapat kesemua pembenarannya pada kitab suci enam agama yang diakui di Indonesia. Jadi, agama dan Pancasila mempunyai hubungan yang baik.
"Jadi hubungan antara Pancasila dan agama harus dikelola sebaik mungkin," kata Yudian.
Adapun pernyataannya kepada tim blak-blakan yang menuai pro dan kontra, terutama pada bagian ketika ia menyebut agama adalah musuh terbesar Pancasila. Yudian meluruskan ini. Yang dimaksudnya sebenarnya bukan agama, tapi minoritas yang mengklaim dirinya sebagai mayoritas umat beragama.
"Namun, pada kenyataannya, Pancasila sering dihadap-hadapkan dengan agama oleh orang-orang tertentu yang memiliki pemahaman sempit dan ekstrem, padahal mereka itu minoritas (yang mengklaim mayoritas)," kata Yudian.
"Padahal Pancasila dan agama tidak bertentangan, bahkan saling mendukung," kata Yudian.